En janvier 1949, les Israéliens terminent d'occuper la Galilée et le Neguev (Negev, Naqab), mais continuent, jusqu'au 1er avril, d'occuper des postes militaires et des villages syriens (Pappé, 2006). ​L'occupant met alors en œuvre différentes stratégies pour continuer de gérer la désarabisation du pays.  Par exemple, en créant le 12 janvier 1949, au sein de son armée, une unité des Minorités, "composée de druzes, de circassiens et de bédouins, recrutés pour une seule et unique mission : empêcher les villageois et citadins palestiniens de revenir dans leurs maisons." (Pappé, 2006). Rien d'étonnant ensuite que cette classe de citoyens serviles, dotée d'un seul coup d'un certain  pouvoir envers leurs semblables, exerce à son tour des formes de violence sur les villageois qu'ils contrôlent, cette méthode de domination  est connue depuis très longtemps dans l'histoire. Dès février, on en a la confirmation par un rapport "sur l’action recherche et identification des villages d’Arraba et de Deir Hanna [carte A, au SE de Karmiel]. À Deir Hanna , des balles ont été tirées au-dessus des têtes des citoyens (ezrahim) que l’on rassemblait pour identification. Quatre-vingts ont été conduits en prison. Il y a eu des cas de comportement « inconvenant » de la part de la police militaire à l’égard des citoyens locaux pendant cette opération." (Archives des FDI / IDF [Forces de Défense Israélienne], 51/957, dossier 1683, bataillon 103, compagnie C ;  cité par Pappé, 2006). Par euphémisme, le caractère "inconvenant" désigne en fait, en général, toutes sortes de harcèlements physiques et psychologiques. Pire, après avoir cessé de déporter des Palestiniens au Liban, à partir du 16 janvier 1949, l'unité des Minorités a reçu une nouvelle mission : empêcher les réfugiés d'opérer la moindre tentative de franchir le périmètre de leur village.  Un paysan venait au village pour moissonner son champ, un autre pour récolter des fruits :  ils étaient la plupart du temps abattus :  "tir réussi contre des Palestiniens qui tentaient de revenir dans le village de Blahmiya et d’y récupérer leurs affaires."  note, satisfait, un supplétif  musulman ​(Archives des FDI, 50/2433, dossier 7, cité par Pappé, 2006). Mais officiellement, on laissait les représentants du gouvernement israélien  raconter leurs salades idéologiques sans les contredire, à l'image d'Abba Eban, ambassadeur d'Israël auprès de l'ONU (1949-1959) pouvait affirmer sans être contredit que personne n'était responsable ou n'avait à rendre de comptes à propos du "problème humain" posé par les réfugiés  (Pappé, 2006). 

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C'est ainsi que l'achèvement du nettoyage ethnique de la Nakba s'est poursuivi d'octobre 1948 à l'été 1949, et les observateurs de l'ONU, du ciel ou du sol, assistaient de manière neutre, silencieuse, à la déportation massive qui avait lieu sous leurs yeux.  Certains ont bien écrit un rapport, que le secrétaire général n'a jamais publié, d'autres ont été choqués "par l’ampleur du pillage en cours, lequel, en octobre 1948, avait touché tous les villages et toutes les villes de Palestine." (Pappé, 2006).  En août 1949, encore, "une unité de Tsahal a capturé une jeune Bédouine, l'a retenue captive dans un avant-poste du Néguev, l'a violée collectivement, exécutée sur ordre du commandant du peloton et l'a enterrée dans une tombe peu profonde dans le désert. Vingt soldats ayant participé à l'épisode, dont le commandant du peloton, ont été traduits en cour martiale et envoyés en prison"  (article d'Haaretz, 29 octobre 2003). 

​Tout comme les observateurs de l'ONU, les représentants de la Croix-Rouge attestent de nombreuses violations des droits fondamentaux jusqu'en 1949. Quand ils découvrent, par exemple, un charnier à Jaffa, le gouverneur militaire de Jaffa explique de manière débonnaire qu'il s'agissait probablement de contrevenants aux ordres stricts de couvre-feux, qui donnaient l'autorisation d'abattre quiconque ne le respectait pas : 

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"Sous couvert de couvre-feux et de bouclages, les Israéliens ont également commis d'autres crimes à Jaffa, qui étaient représentatifs de beaucoup de choses qui se sont produites ailleurs. Le crime le plus courant était le pillage, qu'il soit de type officiel et systématique ou privé et sporadique. Le genre systématique et officiel a été ordonné par le gouvernement israélien lui-même et a ciblé les magasins de gros de sucre, de farine, d'orge, de blé et de riz, que le gouvernement britannique gardait pour les  populations arabes. . Le butin confisqué a été envoyé aux colonies juives"  (Pappé, 2006). 

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Des groupes de population étaient parfois autorisés à revenir là où ils vivaient avant la nakba, mais ils sont triés sur le volet par les autorités israéliennes, en particulier pour des intérêts divers, en particulier  électoralistes. Par ailleurs, ces villageois avaient en permanence une épée de Damoclès sur leur tête, car ils étaient susceptibles à tout moment d'être expulsés de force et transférés dans d'autres lieux, "à cause de l’avidité des fermiers juifs, en particulier des kibboutzniks, qui convoitaient leurs terres ou leur site." (Pappé, 2006). 

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